Nagasaki Uchida Yamaguchi Furuki Tsubota Inoue 2023
Nagasaki et al. (2023)
- Nagasaki, R., Uchida, S., Yamaguchi, T., Furuki, T., Tsubota, H. & Inoue, Y. 2023. Complete chloroplast genome of Frullania muscicola Steph. (Frullaniaceae, Marchantiophyta). Hikobia 19(1): 1–9.
Abstract
Frullania muscicola Steph. (Frullaniaceae) is a liverwort species with considerable morphological plasticity. As a stepping stone for research on genetic diversity within the species, the complete chloroplast (cp) genome of F. muscicola (Form A) was assembled and annotated for the first time in this study. The cp genome of F. muscicola is 120,444 bp long with the GC content of 31.9 %, consisting of four subregions: a large single-copy (LSC) region of 82,312 bp, a small single-copy (SSC) region of 19,792 bp and a pair of inverted repeats (IRs) of 9,170 bp each. The cp genome of F. muscicola encodes a total of 120 unique genes, which are 87 protein-coding genes, 29 tRNA genes, and four rRNA genes. Phylogenetic trees based on the coding sequences strongly support the sister relationship of F. muscicola with the F. nodulosa accession, and monophyly of the Porellales in which it is sister to the Lejeuneaceae-Jubulaceae clade, as previously reported.
抄録
カラヤスデゴケFrullania muscicola（タイ類ヤスデゴケ科）は主に東アジアに分布する茎葉性のタイ類である．本研究ではカラヤスデゴケ（Form A）の葉緑体ゲノム（LC765338）を決定したので報告する．本種の葉緑体ゲノムは全長120,444 bp で，GC含有率が31.9％あり，LSC領域（82,312 bp）とSSC領域（19,792 bp），2つのIR領域（それぞれ9,170 bp）で構成されていた．このゲノムには，タンパク質をコードする遺伝子87個と，tRNA遺伝子29個，rRNA遺伝子4個を含む合計120個の遺伝子がコードされていた．タンパク質をコードする遺伝子の塩基配列に基づく分子系統解析の結果，カラヤスデゴケとデータベースに葉緑体ゲノムの登録があったカミムラヤスデゴケF. nodulosa（MH064510）の単系統性を強く支持するとともに，クサリゴケ科Lejeuneaceaeとヒメウルシゴケ科Jubulaceaeのクレードとヤスデゴケ科Frullaniaceaeが姉妹群になること，クラマゴケモドキ目Porellalesの単系統性がそれぞれ強く支持された．
