MacOSXLionMrBayes-MPI

Mac OS X Lion上でMrBayes-MPI

用意するもの

• openMPIの動作する環境
  • XCodeなどをあらかじめインストール
    • gccやautotoolsが入っていれば良い．autoconf@w.68_2やautomake@1.11.2_0，gcc44@4.4.6_0などが入っている
    • 先にRを入れると必要なものがほとんど入るので便利
  • finkやMacPortなどでopenMPIをあらかじめインストールしておく．openmpi@1.5.4_0+gcc44で動いている
    • port search foo
    • sudo port install foo
  • Beagle-libが入っているとなおベター（とりあえずスキップ）
• MrBayes 3.2のソースコード
  • ソースコードと一緒にあるCompileInstructions.txtに詳細あり

コンパイル

• autoconf
• ./configure --enable-mpi=yes --with-beagle=no（Beagleを入れていない場合）
• make

Version 3.2.2

• Mac上では，上の方法ではエラーになる．CompileInstructions.txtを読んで，対応できる．

プログラムの動作

• mpirun -np 16 mb -i foo.nex
  • 動いているかどうかはpsやアクティビティモニタで確認できる
  • -npの数はchainの倍数である必要があるらしい．エラーで止まる
• mcmc ngen=1000000 nchains=8（必要に応じてtemp=0.5など）
  • 計算を続けるかどうかはTracerで*.pファイルを開いて確認する．パラメータの表示がすべて黒になっていれば良い
• sump burnin=xxx（集めた系統樹の数の1/4を削除するのが普通）
  • sump relburnin=yes burninfrac=0.25（Version 3.2より利用可能）
• sumt burnin=xxx（同上）

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