「Nucleotide base codes」の版間の差分

提供: 広島大学デジタル自然史博物館 植物
転送ページ
移動: 案内検索
(関連ページ)
 
1行: 1行:
=Nucleotide base codes (IUPAC)=
+
#REDIRECT [[IUPAC/UBMB_codes_for_nucleic_acid_bases]]
Table 1. Summary of single-letter code recommendations [after [[Cornish-Bowden_1985|Cornish-Bowden (1985)]]]
+
+
Symbol          Meaning          Origin of designation
+
------          -------          ---------------------
+
    G          G                  Guanine
+
    A          A                  Adenine
+
    T          T                  Thymine
+
    C          C                  Cytosine
+
    U          U                  Uracil
+
    R          G or A              puRine
+
    Y          T or C              pYrimidine
+
    M          A or C              aMino
+
    K          G or T              Ketone
+
    S          G or C              Strong interaction (3 H bonds)
+
    W          A or T              Weak interaction (2 H bonds)
+
    H          A or C or T        not-G, H follows G in the alphabet
+
    B          G or T or C        not-A, B follows A
+
    V          G or C or A        not-T (not-U), V follows U
+
    D          G or A or T        not-C, D follows C
+
    N          G or A or T or C    aNy
+
----
+
Table 1. IUPAC code for incomplete nucleic acid specification [after [[Johnson_2010|Johnson (2010)]]]
+
-------------------------------------------------------------
+
Symbol    Mnemonic                Translation
+
-------------------------------------------------------------
+
A                                  A (adenine)
+
C                                  C (cytosine)
+
G                                  G (guanine)
+
T                                  T (thymine)
+
U                                  U (uracil)
+
R          puRine                  A or G (purines)
+
Y          pYrimidine              C or T/U (pyrimidines)
+
M          aMino group            A or C
+
K          Keto group              G or T/U
+
S          Strong interaction      C or G
+
W          Weak interaction        A or T/U
+
H          not G                  A, C or T/U
+
B          not A                  C, G or T/U
+
V          not T/U                A, C or G
+
D          not C                  A, G or T/U
+
N          aNy                    A, C, G or T/U
+
-------------------------------------------------------------
+
 
+
==引用文献==
+
*[[Cornish-Bowden_1985|Cornish-Bowden, A.  1985.  Nomenclature for incompletely specified bases in nucleic acid sequences: recommendations 1984.  Nucleic Acids Res. 13(9): 3021–3030.]]
+
**https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC341218/pdf/nar00303-0014.pdf
+
*[[Johnson_2010|Johnson, A. D.  2010.  An extended IUPAC nomenclature code for polymorphic nucleic acids.  Bioinform. 26(10): 1386-1389.]]
+
**https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2865858/pdf/btq098.pdf
+
 
+
==関連ページ==
+
*[[IUPAC/UBMB_codes_for_nucleic_acid_bases|IUPAC/UBMB codes for nucleic acid bases]]
+
*[[Nucleotide_base_codes|Nucleotide base codes]]
+
*[[Pyrimidine|pyrimidine]]
+
*[[Purine|purine]]
+
 
+
[[Category:IUPAC]]
+
[[Category:DNA]]
+
[[Category:N]]
+
[[Category:I]]
+
[[Category:P]]
+

2019年4月25日 (木) 19:19時点における最新版