「Nucleotide base codes」の版間の差分

提供: 広島大学デジタル博物館
ナビゲーションに移動検索に移動
 
(同じ利用者による、間の2版が非表示)
1行目: 1行目:
=Nucleotide base codes (IUPAC)=
+
#REDIRECT [[IUPAC/UBMB_codes_for_nucleic_acid_bases]]
Table 1. Summary of single-letter code recommendations [after [[Cornish-Bowden_1985|Cornish-Bowden (1985)]]]
 
 
Symbol          Meaning          Origin of designation
 
------          -------          ---------------------
 
    G          G                  Guanine
 
    A          A                  Adenine
 
    T          T                  Thymine
 
    C          C                  Cytosine
 
    U          U                  Uracil
 
    R          G or A              puRine
 
    Y          T or C              pYrimidine
 
    M          A or C              aMino
 
    K          G or T              Ketone
 
    S          G or C              Strong interaction (3 H bonds)
 
    W          A or T              Weak interaction (2 H bonds)
 
    H          A or C or T        not-G, H follows G in the alphabet
 
    B          G or T or C        not-A, B follows A
 
    V          G or C or A        not-T (not-U), V follows U
 
    D          G or A or T        not-C, D follows C
 
    N          G or A or T or C    aNy
 
----
 
Table 1. IUPAC code for incomplete nucleic acid specification [after [[Johnson_2010|Johnson (2010)]]]
 
-------------------------------------------------------------
 
Symbol    Mnemonic                Translation
 
-------------------------------------------------------------
 
A                                  A (adenine)
 
C                                  C (cytosine)
 
G                                  G (guanine)
 
T                                  T (thymine)
 
U                                  U (uracil)
 
R          puRine                  A or G (purines)
 
Y          pYrimidine              C or T/U (pyrimidines)
 
M          aMino group            A or C
 
K          Keto group              G or T/U
 
S          Strong interaction      C or G
 
W          Weak interaction        A or T/U
 
H          not G                  A, C or T/U
 
B          not A                  C, G or T/U
 
V          not T/U                A, C or G
 
D          not C                  A, G or T/U
 
N          aNy                    A, C, G or T/U
 
-------------------------------------------------------------
 
 
 
==引用文献==
 
*[[Cornish-Bowden_1985|Cornish-Bowden, A.  1985.  Nomenclature for incompletely specified bases in nucleic acid sequences: recommendations 1984.  Nucleic Acids Res. 13(9): 3021–3030.]]
 
**https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC341218/pdf/nar00303-0014.pdf
 
*[[Johnson_2010|Johnson, A. D.  2010.  An extended IUPAC nomenclature code for polymorphic nucleic acids.  Bioinform. 26(10): 1386-1389.]]
 
**https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2865858/pdf/btq098.pdf
 
 
 
==関連ページ==
 
*[[IUPAC/UBMB_codes_for_nucleic_acid_bases|IUPAC/UBMB codes for nucleic acid bases]]
 
*[[Nucleotide_base_codes|Nucleotide base codes]]
 
*[[Pyrimidine|pyrimidine]]
 
 
 
[[Category:IUPAC]]
 
[[Category:DNA]]
 
[[Category:N]]
 

2019年4月25日 (木) 19:19時点における最新版